The notebook in this repository presents the main steps of a whole-genome sequencing project. It also provides links to high-performance programs that can process large amounts of data.
To run the notebook, install the dependencies:
pip install -r requirements.txt
And then launch the notebook:
jupyter notebook tutorial.ipynb
You can also open the file tutorial.ipynb in Visual Studio Code to run it and select the Python
virtual environment with the installed dependencies.
Le carnet dans ce dépôt présente les principales étapes d'nu projet de séquençage génomique. Il fournit aussi des liens vers des programmes de hautes performances pour traiter de grandes quantité de données.
Pour exécuter le carnet, installez les dépendances :
pip install -r requirements.txt
Et lancez le carnet :
jupyter notebook tutorial.ipynb
Vous pouvez aussi ouvrir le fichier tutorial.ipynb dans Visual Studio Code et sélectionner
l'environnement virtuel Python avec les dépendances pour rouler le carnet.